Tidlige fungicider var uorganiske forbindelser, blandt hvilke svovlpulver og kobberpræparater (se Bordeaux-blanding) stadig bruges i dag. I 1914 brugte I. Reem fra Tyskland første gang organiske kviksølvforbindelser til at bekæmpe hvedeslam, hvilket markerede begyndelsen på udviklingen af organiske fungicider.
I 1934 opdagede WH Tisdale og andre i USA dimethyldithiocarbamats bakteriedræbende egenskaber. Siden da er organiske fungicider begyndt at udvikle sig hurtigt. Der er tre hovedserier af organiske svovlfungicider udviklet i 1940'erne og 1950'erne: thirams, dysons (såsom zink dysons) og trichlormethylthiodimethylcarboximider. Derudover er der også udviklet organisk klor, organisk kviksølv, Organiske arsenfungicider. De fleste af disse fungicider er beskyttende midler og har begrænsninger i anvendelsen.
Siden 1960'erne er der dukket flere kemiske typer fungicider op, og det vigtigste fremskridt er fremkomsten af systemiske fungicider.
I 1965 udviklede Japan det organophosphor-fungicide Daobenjing. I 1966 udviklede USA blåregn. I 1967 udviklede USA benomyl. I 1969 udviklede Japan thiophanat. Tricyclazol blev udviklet i USA i 1977, metalaxyl blev udviklet i Schweiz, og aluminiumtriethylphosphat blev udviklet i Frankrig i 1978. De systemiske midler repræsenteret af ovenstående er blevet hovedstrømmen af fungicidudvikling siden 1970'erne. Samtidig har landbrugets antibiotika udviklet sig hurtigt. Organisk kviksølv, organisk arsen og nogle organiske klorfungicider udfases gradvist på grund af toksicitet eller miljøforurening. Den nye generation af systemiske midler har yderligere udvidet markedet for fungicider på grund af deres forbedrede bekæmpelseseffekt. I 1980'erne var der mere end 200 sorter af fungicider. Ifølge undersøgelsen nåede salget af fungicider i verden i 1985 op på 2,54 milliarder amerikanske dollars, svarende til 18,4 procent af det samlede salg af pesticider.
I 1984 udgjorde salget af systemiske midler i fungicider 44,2 procent, og ikke-systemiske midler tegnede sig for 55,8 procent. I næsten et halvt århundrede har udviklingen af fungicider hovedsageligt fokuseret på midlerne til forebyggelse og behandling af svampesygdomme, mens forskning og udvikling af midler til forebyggelse og behandling af sygdomme forårsaget af bakterier og vira stadig er utilstrækkelig. Siden 1950'erne har Kina primært udviklet beskyttende fungicider. Siden 1970'erne er det begyndt at udvikle systemiske fungicider og landbrugsantibiotika og er holdt op med at bruge organiske kviksølvmidler. Fordi anvendelsesteknologien for fungicider er relativt kompliceret, er udviklingshastigheden ikke så hurtig som for insekticider. Imidlertid er den beskyttende effekt af fungicider på landbrugsproduktionen blevet mere og mere anerkendt af landmænd. Med moderniseringen af Kinas landbrug vil udviklingen af fungicider uundgåeligt accelerere.